Plusieurs générateurs et la commande Csound elle-même spécifient des noms de fichier pour l'écriture ou la lecture. Ceux-ci peuvent parfois être des chemins complets, dont le répertoire cible est complètement spécifié. Lorsque le chemin n'est pas complet, les noms de fichiers sont recherchés dans plusieurs répertoires dans un ordre dépendant de leur type et de la valeur de certaines variables d'environnement. Ces dernières sont facultatives, mais elles peuvent servir à partitionner et à organiser les répertoires de façon à partager les fichiers plutôt que de les dupliquer dans plusieurs répertoires de l'utilisateur. Les variables d'environnement peuvent définir des répertoires pour les fichiers son (SFDIR), les sons échantillonés (SSDIR), les analyses de son (SADIR), et les fichiers à inclure pour l'orchestre et la partition (INCDIR).
A partir de la version 5.00 de Csound, ces variables d'environnement peuvent spécifier plusieurs répertoires dans une liste dont le séparateur est le point-virgule (;). Si un fichier est trouvé à plusieurs endroits, c'est le premier de ceux-ci qui à la priorité.
L'ordre de recherche est :
Les fichiers son en écriture sont placés dans SFDIR (s'il existe), sinon dans le répertoire courant.
Les fichiers son en lecture sont recherchés dans le répertoire courant. Si les chemins par défaut ne sont pas désactivés, les fichiers sont ensuite recherchés relativement au fichier CSD/ORC/SCO. Enfin, ils sont recherchés dans SSDIR puis dans SFDIR.
Les fichiers de contrôle d'analyse en lecture sont recherchés dans le répertoire courant. Si les chemins par défaut ne sont pas désactivés, les fichiers sont ensuite recherchés relativement au fichier CSD/ORC/SCO. Enfin, ils sont recherchés dans SADIR.
Les fichiers MIDI en lecture sont recherchés dans le répertoire courant. Si les chemins par défaut ne sont pas désactivés, les fichiers sont ensuite recherchés relativement au fichier CSD/ORC/SCO. Enfin, ils sont recherchés dans MFDIR, SSDIR et SFDIR.
Les fichiers de code à inclure dans les fichiers d'orchestre et de partition (avec #include) sont recherchés d'abord dans le répertoire courant, ensuite dans le même répertoire que le fichier d'orchestre ou de partition (respectivement), enfin dans INCDIR.